書院的重要特色之一是結合生活與自治的「住宿學習」，只要是博雅書院的院生都必須住在博雅的宿舍區當中。

書院的重要特色之一是結合生活與自治的「住宿學習」，只要是博雅書院的院生都必須住在博雅的宿舍區當中。共同住宿的目的是讓學生學習自治管理，並增進院生們的互動和學習交流。宿舍公共事務由書院學生共同負責管理，希望學生能在其中體驗到獨立、自主，為自己行為負責的住宿生活。

目前許多國外大學都普遍實行男女共同住宿的方式，給予學生自我管理的責任。博雅書院認同這樣的理念，讓學生自主管理規劃，相互協調磨合，共同學習，將宿舍營造出家的感覺。除此之外，公共空間也便於大家隨時討論，塑造同儕的向心力，向心力使院生能夠更信任彼此、看見彼此的長處，相互提攜，將整體帶往更高的素質，遂成為書院文化。

男女合宿在台灣社會難免引發疑問，但是博雅書院給予學生極大的自主權與完全的信任，相信同學都能自律且潔身自愛。一如博雅總導師錢致榕教授所言：「若現在連這般小事都沒辦法信任同學，未來要如何信任我們的社會？」